A EQC tem como objetivo principal zelar pela sanidade do rebanho suídeo brasileiro, e assim minimizar o risco de entrada de doenças que possam ser vinculadas por meio dos reprodutores importados pelas diversas empresas de genéticas. E com isso, todos os suínos que chegam à EQC são submetidos à inspeção zootécnica (ABCS) e ao monitoramento contínuo realizado pelo Serviço Veterinário Oficial (MAPA), por meio de exames (visuais, clínicos e laboratoriais). E atendendo todas as exigências, os suínos serão liberados e transportados para povoar as Granjas de Reprodutores Suínos Certificada (GRSC).