A Estação Quarentenária de Cananéia é dividida em dois sítios (1 e 2).

• O sítio 1 é dividido em duas áreas, que são: 3 galpões, cada um contendo 56 gaiolas individuais, com capacidade de alojar 168 suínos, e 1 galpão contendo 22 baias com capacidade de alojar 292 suínos, totalizando o alojamento de 460 animais.
• O sítio 2 é composto por 1 galpão, contendo 21 baias e 108 gaiolas individuais, e capacidade de alojar 528 suínos.